Осознание необходимости института подобного Центру Маршалла пришло с провалом попытки переворота в России в августе 1991 года. Управление планирования и политики Европейского командования ВС США начало вырабатывать предложения по расширению военных контактов и контактов в области безопасности с новыми демократическими странами Центральной и Восточной Европы и Евразии с намерением положительно влиять на создание структур безопасности, отвечающих принципам демократических государств. В октябре 1991 года поступило предложение создать на базе русского института сухопутных сил США Европейского центра по исследованию вопросов безопасности, откуда можно было бы быстро наладить работу с военными организациями Центральной и Восточной Европы и Евразии.

Это предложение было представлено генералу Колину Пауэллу, председателю Объединенного комитета начальников штабов, в феврале 1992 года. В марте 1992 года он одобрил этот план. Помощник министра обороны по вопросам политики Пол Вольфович одобрил предложение Европейского командования летом того же года, и штабы начали разрабатывать устав предлагаемого центра.

В ноябре 1992 года министр обороны Дик Чейни подписал директиву Министерства обороны 5200.34 по основанию Центра Джорджа Маршалла как элемента Европейского командования США, подчиняющегося, руководимого и контролируемого Главнокомандующим Европейского командования. После подписания 2 декабря 1994 года Меморандума о соглашении между штабами Европейского командования и министерством обороны Германии Центр Маршалла стал организацией немецко-американского партнерства.

Европейский Центр по исследованию вопросов безопасности имени Джорджа К. Маршалла был торжественно открыт 5 июня 1993 года. Генерал Джон М. Шаликашвили, главнокомандующий Европейского командования, руководил церемонией открытия Центра, деятельность которого должна была ставить своей целью стабилизацию, и, таким образом, укрепление Европы после окончания «холодной войны». Основными докладчиками были министр обороны США Лес Аспин и министр обороны Германии Фолькер Рюэ.

Центр Джорджа Маршалла находится на территории как Шеридановской казармы, так и казармы Крафт фон Делльмензинген. Шеридановская казарма, которая раньше называлась казармой Егер, была построена в 1937 году для размещения войск германского вермахта. Американская армия впервые использовала эту казарму в 1945 году для содержания военнопленных офицеров. В период с 1960 по 1992 год в этих казармах размещалась первая горная дивизия нового германского бундесвера. В мае 1964 года эту базу стали использовать для американских военных, для штаба базы отдыха американских ВС (БОАВС) и бывшего армейского Института русского языка. В июне 1992 года эти здания были переданы вновь созданному Центру Джорджа Маршалла.