Oberst Jeff Lee begann 1983 seine Laufbahn als Pionieroffizier im US-Heer. Zunächst war er Zugführer und stellvertretender Kommandeur in Fort Carson, Colorado, wo er Entsendungen an das National Training Center (das nationale Übungs- und Qualifizierungszentrum des US-Heeres) und nach Mittelamerika unterstützte. Anschließend diente er beim 94. Pionierbataillon in Darmstadt, Deutschland, zunächst als Bauingenieur und Pionieroffizier, danach als Kompaniechef der Kompanie Charlie. Seine Einheit wurde in der Operation „Provide Comfort“ in der Schlussphase der Operation Wüstensturm stationiert.

1994 wurde er zum Pionierkorps des US-Heeres im Savannah District als stellvertretender Leiter des Rechnungswesens und Projektleiter Ingenieurwesen entsandt. Nach Beendigung seines Einsatzes 1996 wurde er nach Jerusalem beordert, um dort als Planungs- und Pionieroffizier für die Friedenstruppen der Organisation der Vereinten Nationen zur Überwachung des Waffenstillstands (UNTSO) zu dienen. 1997 wurde er Pionierstabsoffizer des I. US-Korps in Fort Lewis, Washington, wo er an zahlreichen multinationalen, streitkräfteübergreifenden Übungen teilnahm. 1998 wurde er S3-Stabsoffizier des 864. Pionierbataillons in Fort Lewis.

1999 kehrte Oberst Lee zurück nach Darmstadt, um als Leiter für öffentliche Bauarbeiten im 233. Bataillon zur Wahrnehmung der Standortaufgaben zu dienen. Anschließend war von 2001 bis 2003 Leiter des Planungsreferates in der Abteilung für Pionieraufgaben und Sicherheitsinfrastruktur im regionalen Hauptquartier der Alliierten Streitkräfte Europa Nord der NATO in Brunssum, Niederlande. Während dieser Zeit war er auch im Kosovo stationiert, als Leiter des Bereiches Infrastruktur für die Kosovotruppe KFOR. Von 2003 bis 2005 befehligte er das Rekrutierungsbataillon des US-Heeres in Indianapolis, wo er über 4000 zukünftige Soldaten rekrutierte.

2007 wurde Oberst Lee Leiter der Abteilung für Folgenmanagement an der Defense Threat Reduction Agency (DTRA) in Fort Belvoir, Virginia. Diese Behörde leitet das Verteidigungsministerium und das US-Strategic Command (u.a. zuständig für die Kontrolle der Nuklearwaffen der US-Streitkräfte) in den nationalen Bemühungen im Kampf gegen Massenvernichtungswaffen. Als Leiter der Abteilung für Folgenmanagement war Oberst Lee unter anderem zuständig für die Planung und Krisenreaktion bei Zwischenfällen mit chemischen, biologischen, radiologischen, nuklearen Sprengstoffen oder Sprengstoffen mit großer Reichweite (CBRNE). Derzeit ist Oberst Lee Dozent und Tutor am George C. Marshall Center, Europäisches Zentrum für Sicherheitspolitische Studien, wo er auch die DTRA vertritt.

Er erhielt einige militärische Auszeichnungen, darunter die Defense Meritorious Service Medal und die Parachutist Badge, ein Abzeichen für Fallschirmspringer. Oberst Lee hat einen Bachelorabschluss in Geoingenieurwissenschaften von der Colorado School of Mines und einen Masterabschluss von der Central Michigan University. Des Weiteren besuchte er das U.S. Army Command and General Staff College, eine Bildungseinrichtung der US-Streitkräfte für die Ausbildung der militärischen Führungsspitze.